Смотря что считать за хороший сюжет. Если нестандартность и оригинальность - Planescape: Torment. Если эпичность и чувство причастия к происходящим событиям - Mass Effect 1 и Dragon Age: Origins. Если яркие диалоги и персонажи, отношения с ними - Dragon Age: Origins и SW KOTOR.
Из всего что я играл лучший сюжет был в Ведьмаке. Пускай завязка там была очень банальной и прямиком пришедшей из южно-американских сериалов, но мир который был создан в книгах был бережно перенесён, и сюжет выдержан именно в этой стилистике.
Поскольку западные РПГ уже перечислены, остаются японские - ну а среди них можно вспомнить Xenogears, FFX, FFXII, Suikoden 1-2, Xenoblade Chronicles, Chrono Trigger и пожалуй даже Tales of Berseria, которая при всей своей анимешной дурашливости таки смогла удивить.